飛機次系統包含飛行控制、機械動力、電力系統及航電系統等項目，其整合的表現如同飛行器的神經網路及操控諸單元。本所累積軍機及商用飛機次系統的研發經驗，已具有良好的航太專業技術能量。現有電氣系統實驗室、飛控系統實驗室及機電整合實驗室，並積極與業學界進行技術交流，對飛行器各次系統設計及系統整合具完整的專業知識及豐富的實務經驗。

機電系統整合設計測試與零組件開發：
‧符合規範：MIL-STD-704 / MIL-E-7016
‧電力系統設計與測試驗證
‧電子負載分析管理
‧無刷馬達、無刷發電機及驅動器設計與檢測
‧電機伺服整合設計與測試 
‧數位控制器整合與軟體模擬設計

飛機次系統設計：
‧飛操機構、環控系統設計
‧液壓系統、燃油系統設計
‧軍械系統、逃生系統設計

飛行控制與航電系統設計：
‧飛控系統整合設計
‧飛控電腦、系統軟體與控制律設計驗證
‧航電系統性能整合與介面設計

‧航空器系統設計開發
‧工業級動感平台
‧高壓離心機系統
‧高精度飛行控制
‧機電系統控制

‧液壓致動器設計與測試
‧高轉速發電機設計與測試
‧電機迴轉式致動器設計與測試
‧飛控電腦發展系統
‧六軸動感平台設計
‧電氣系統裝備檢測
‧電路線束設計
‧飛控系統及內部次系統設計