電子系統研究所的前身為第三研究所，與院部同時成立於民國五十八（1969）年，是負責國防武器電子系統及前瞻關鍵技術研發的專業單位，為能使技術能量更加專精、系統整合更具成效，遂於民國九十（2001）年二月奉國防部核定調整組織為電子系統研究所，全力投入國防武器需求之電子系統、次系統及元件研發任務，並配合國家政策，發展軍通科技以扶植產業。